L'Athera Suites Mykonos si trova ad Amigdalidi, a 1,9 km dal porto di Mykonos. Il centro di Mykonos, Chora, dista 2,5 km. La spiaggia più vicina, Agios Stefanos, dista 2,8 km. L'aeroporto internazionale di Mykonos dista 3,3 km dall'Athera Suites Mykonos.